8 Eylül 1779’da doğan 4. Mustafa eğitim görmeye pek fazla yanaşmamış, onun yerine zevk düşkünü biri olmayı tercih etmiştir. Kabakçı Mustafa isyanı sonucu tahttan indirilen amcası 3. Selim’in yerine 29 Mayıs 1807’de padişah oldu. Amcasının tahttan indirilmesine sebep olan isyana destek çıktığı hatta bu isyanın planlayıcılarından biri olduğu söylenmektedir. Asi ve acımasız bir tabiata sahip olan neredeyse imparatorluğun seyrini değiştiren öz amcası 3. Selim’in öldürülmesini emretmiştir. Yaşanan karışıklıklar sonucunda da kısa sürede tahttan indirilmiş ve en kısa saltanat süren padişahlar arasında ikinci olmuştur.
Tahta çıktıktan sonra İstanbul’da hüküm süren yeniçeri kıyımına göz yumdu. Yeniçeriler kaldırılan Nizam-ı Cedid ordusunun mensuplarını teker teker yakalayıp öldürmekle meşguldüler. Yeniçeriler ile yapılan antlaşmalarda isyan hareketinden yeniçerilerin sorumlu tutulmayacağı gibi maddeler devleti tam bir kaosa sürüklemeye yetti.
3. Selim yanlısı ve aynı zamanda büyük bir devlet adamı olan Rusçuk Ayanı Alemdar Mustafa Paşa, Mustafa’yı tahttan indirerek yerine tekrar 3. Selim’i padişah yapmak için harekete geçti. Ordusuyla İstanbul’a yürüyen Alemdar Paşa, isyanın sembol ismi Kabakçı Mustafa’yı öldürttü ve sarayın kapılarına dayandı. Alemdar Paşa’nın niyetini bilen 4. Mustafa, 3. Selim ve Şehzade Mahmud’u öldürerek, tek hanedan üyesi kalmayı ve padişahlığının devamını sağlamayı planladı. 3. Selim öldürüldü fakat Şehzade Mahmud saraydan kaçmayı başarmıştı. Saraya giren Alemdar Paşa 3. Selim’in vefat ettiğini anladı ve 28 Temmuz 1808’de 4. Mustafa’yı tahttan indirerek yerine 2. Mahmud’u getirtti.
2. Mahmud, padişahlığı esnasında çıkan bir isyan sonucunda, yeniçerilerin Mustafa’yı tekrar padişah yapmak istemeleri üzerine 17 Kasım 1808’de Mustafa’yı boğdurdu.