Kösem Sultan, Sultan I.Ahmet’in ölümüyle genç yaşta dul kalmış ve sarayda Sultanın desteği olmadan yaşamaya başlamıştır.Gerçi zekası ve yetenekleri sayesinde saraya kendini kolayca ispatlamıştır.Hatta daha Sultan I.Ahmet hayattayken bile Şeyh Sivasi ve Aziz Mahmud Hüdai gibi önde gelen büyüklerden itibar görmektedir.
Ancak Sultan I.Ahmet’in tifüs hastalığından ölümüyle, Kösem Sultan’da artık saraydaki entrikalara ayak uydurmayı öğrenmeye başlamıştır.Çünkü I.Ahmet hayattayken,duyduğu,gördüğü şeyler,I.Ahmet’in ölümünden sonrada ,eğer oğullarını tahta çıkaramazsa hayatta onu ve çocuklarını nelerin bekleyeceğini öğretmiştir.
Kocası tahta çıkarken ,daha önce yaptığı gibi, yine bir Osmanlı Yasası değişikliği yapmıştır.Saltanatta eski padişahın en büyük oğlu padişah olması gerekirken,değişiklik üzerine Osmanlı ailesinin en büyük ferdinin tahta çıkarak padişah olmasını sağlamıştır.Bunu yaparken Mahpeyker Kösem Sultan’dan doğma oğullarını tahta çıkarmayı düşünmüş, yine de aldığı karar kardeş kavgalarının sona ermesini sağlamıştır
I.Ahmet’in ölümünden sonra vasiyeti gereği tahta ağabeyi I.Mustafa çıkmıştır.Kösem Sultan kendi oğullarını düşünerek I.Mustafa’yı desteklemiş ve tahtta kalabilmesi için elinden geleni yapmıştır.Bu nedenle I.Mustafa’nın annesi Fuldane Valide Sultan ,Kösem Sultan’ın sayesinde oğlunun ikbalini gördüğünü düşündüğünden Kösem Sultan’a minnet duymuş ve O’na itibar etmiştir.Sonrasında tahta çıkan I.Ahmet’in Mahfiruz Sultan’dan doğma oğlu II.Osman’ da (Genç Osman) ,annesinin erken ölümü nedeniyle, Kösem Sultan’a hürmet etmiş,O’nun bir dediğini iki etmemiştir.Böylelikle Kösem Sultan’da iki padişah döneminde de sürülmesine gerek kalmadan Beyazıt’taki eski saraya kendi isteği ile yerleşmiştir.
Kösem Sultan kendi oğullarından birinin tahta çıkacağı günü sabırla bekledi.Önce şehzade IV. Murat ve sonrasında sırada şehzade I.İbrahim Sultan olmalıydı.Ancak o güne kadar Handan Sultan’dan ve yaşadıklarından öğrendiği tek şey “şehzadeleri gönlünü bir güzele kaptırmamalıydı !”.Bu nedenlede oğlu IV. Murat’ı kadınlardan uzak tutmaya çalıştı.Başarılıda oldu.
Genç Osman’ın yeniçerilerin ayaklanması sonucu tahtan indirilmesi ,ikinci kez tahta çıkan I.Mustafa’nın da yine tahttan indirilmesi ile sıra nihayet şehzade IV.Murat’a gelmişti.
IV. Murat’ın yaşının küçüklüğü nedeniyle artık Kösem Sultan iyiden iyiye Devleti Aliyede ağırlğını hissettiriyordu.Ancak genç yaşta ölümü üzerine I.İbrahim artık tarih sahnesinde yerini alacaktı.