Kösem Sultan ,torunu IV.Mehmet’in tahta çıkarılmasıyla “Büyük Valide Sultan” sıfatıyla ikinci kez “Saltanat Naibeliği” yapmıştır.Zira IV.Mehmet 7 yaşında padişah olmuştur.Ancak 1648’den 1687’ye kadar ,büyük dedeleri Ertuğrul Gazi ,Orhan Gazi ve Kanuni Sultan Süleyman’dan sonra 39 yıl en uzun padişahlık yapmış Osmanlı Aliye-sinin avcı lakaplı sultanı olmuştur.
Av merakı dışında ,hiçbir kötü alışkanlığı olmayan IV.Mehmet, kısa bir süre eğitim almıştı .Bu yüzden diğer padişahlar gibi bilgili değildi.Kendiside cemaatle namaz kılacak kadar dindardır. Ancak “Ağalar Saltanatı” dene döneme tanıklık etmesi nedeniyle adı “Ağalar Saltanatı” denen dönemde anılmaktadır.
Sofu Mehmet Paşa ‘nın görünürde sadrazam , IV.Mehmet’inde görünürde padişah olduğu 1648’lerde ,Naibe-i Saltanat olan Kösem Sultan ,Ocak Ağaları ile ilişkilerini geliştirmiş ve devlet yönetiminde en çok onlardan faydalanmıştır.Padişah vekilliği yaptığı bu dönemde özellikle ( Ağustos 1648 ile Eylül 1651 ‘deki ölümüne kadar geçen süreç) “Ağalar Saltanatı” diye bilinir olmuştur.Ancak Osmanlı Devleti’nin geçirdiği en acı dönemlerden biridir.
Kara Murat Ağa’nın başını çektiği bir grup, servetlerine servet katmak ve hayatlarını yaşamak için bu dönemi kendi lehlerine kullanır olmuşlardır.Bu zaaflarından faydalanan Kösem Sultan’da ,kendisini Eski Saraya’a yollamak isteyen hatta ölümle tehdit eden oğlu I.İbrahim’in de hakkından bu vesileyle gelecekti.I.İbrahim’i devre dışı bırakacak devlet idaresinde tek güç olacaktı.Özellikle Sofu Mehmet Paşa ‘nın devleti , Atabekler ve Veliahdler gibi yönetmek istemesi ,makamını sallantıya uğratacak, Sipahiler ve Yeniçeriler Sultanahmet Meydanı’nda ,isyan edeceklerdi.Nihai 1649 yılında azledilerek katledildi. Yerine de teammüllere aykırı olarak Yeniçeri ağası Kara Murat Paşa sadrazamlığa getirildi.
Bu duruma gelin Turhan Valide Sultan’ın itirazları ve halkın isyanıyla sonuçlanan kargaşa bastırılamamış olması nedeniyle Kara Murat Paşa yerine sadrazamlığa önce Melek Ahmet Paşa ve sonra Abaza Siyavuş Paşa getirilmiştir.Böylece ağalar isyanı devam etmiştir.Kösem Sultan’ın torunu IV.Mehmet’i öldürüp yerine Şehzade Süleyman’ı getirmek istemesi ,Süleyman’ın annesi Dilaşub Sultan tarafından takdir görmemiş ,tam tersine sonunu hazırlamıştır.1648’ te hareme giren Baltacı Kuşçu Mehmet tarafından öldürülecek ve “Ağaların Saltanatı” da sona erecektir.