Kösem Sultan’ın iktidar mücadelelerini gerçekleşirdiği o dönemlerde,onun görünmeyen bir yüzü daha vardı.Oldukça dindar ,merhametli (evlat katili olarak nitelendirilmesine karşın )ve yardımsever biriydi.
Mübarek üç aylar başladığında,tebdil-i kıyafetle hapishanelere girer,borcu olanların borcunu kapatarak hapishaneden kurtulmalarını sağlar,onlara ve çevresindekilere hediyeler verirdi.Birçok insana iyiliği dokunmuş ve pek çok hayrat yaptırmıştır.
Çeşitli para vakıfları kurdurur,bu vakıflar her yıl Surre Alayı ile Kabe ‘deki fakirlere para yardımında bulunurdu.Her yıl 200 fakir “Sadat Ulufesi”’nden yararlanırdı.Çeşmeler yaptırarak hac yolundaki hacıların faydalanmasını sağlardı.İstanbul’da Beşiktaş,Yenikapı ve Şehremini’de çeşmeler inşa ettirmiştir.
Hizmetinde görev alan cariyelerini bir müddet çalıştırır,sonra mücevher verir,onlara çeyiz hazırlar,para yardımında bulunarak onları evlendirir, hatta damatları da unutmazdı.Onlara da bir miktar mansıp ayırırdı.Böylelikle hizmetindeki cariyelerin sadakatlarının karşılığını vererek gerekeni yapmış,hem de hayır işleyerek etrafındakilerin sevgisini kazanmış olurdu.
Kur’an-ı Kerim okutulabilmesi için Haremeyn ‘de vakıflar kurdurarak fakirlere yardım yapılmasını sağlamıştır.Yine Kıbrıs,Eğriboz,Midilli gibi Osmanlı toprakları dışındada aynı amaçlarla(fakirlere yardım yapılması için) vakıflar inşa ettirmiştir.Livadya’da bir köprü yaptırmıştır.Kahire’dekiler O’nun sayesinde bir su terazisi kazanmışlardır.
Sultan III.Selim civarında Valide Sultan adıyla bilinen medrese,cami ve çeşmeyi inşa ettirmiştir.Boğaziçi’ndeki Anadolu Kavağı mescidi,Büyük Valide adıyla anılan Mercan çarşısındaki (Çakmakçılar yokuşu üzerinde )han ve mescid,O’nun tarafından yaptırılmıştır.
En çok bilinen hayır eseri , IV.Murat’ın baş mimarı Kasım Ağa’ya yaptırdığı Üsküdar’daki Çinili Cami ve Külliyesi’dir. Pencereleri ve duvarları üst sıra ve altlara kadar özel Kütahya Çini’leri ile bezenmiş olmasından dolayı adı Çini’li Cami olarak konulmuştur.Tek kubbeli ve kare tarzında inşa edilmiş burada akla gelebilecek her türlü yapı düşünülmüş;cami,medrese,darülhadis,sıbyan mektebi,çifte hamam,sebil,çeşmeve şadırvan ile yapı adeta süslenmiştir.Cami içerisinde bir de mezarlık yer almaktadır.
Çini’li Cami ,İstanbul kıyılarının kuzey,güney doğrultusunda uzanan Üsküdar’da öyle bir konumda inşa edilmiştir ki,tepeden bakan biri Haliç,Boğaz ve Marmara’yı rahatlıkla seyredebilmektedir.Hatta Evliya Çelebi yapıya “Kösem Valide Sultan Camii ” ismini daha çok yakıştırmıştır.Bu yüzden bazı kaynaklarda Çini’li Camii yerine “Kösem Valide Sultan Camii” adı kullanılmaktadır.
Kösem Sultan’ın cenazesi Sultanahmet Cami’ndeki I.Ahmet türbesine gömülmüştür.