Kösem Sultan, kocası Sultan I.Ahmet öldükten sonra iyiden iyiye tarih sahnesinde yerini almaya başladı. Oğullarından birini tahta çıkarana kadar,mücadelesini bırakmayacaktı. Bu uğurda kocasının tahta çıkan kardeşini bile destekledi. Bu sayade Sultan I.Mustafa’nın annesi Fuldane Valide Sultan’lada arası bir hayli iyi oldu.
Sultan I.Mustafa ‘dan sonra taht adeta bir Genç Osman’ın bir I.Mustafa’nın olmuştu. Bu aradaki değişimler hep Kösem Sultan’ın işine yaradı. Genç Osman’ın ,yeniliklerinden rahatsız olan yeniçeriler tarafından Yedikule Zindanları’nda öldürülmesi, I.Mustafa’nın akli dengesinin yerinde olmaması, adeta Kösem Sultan’ın istediği gibi tahta oğlu IV.Murat’ı hazırladı. Çocuk denecek yaşta olan IV.Murat (onbir yaşındaydı)tahta çıktıktan sonra , yerine Kösem Sultan Saltanat Naibeliği yapıyor,devleti yönetiyordu. Devleti bir padişah annesinin yönetmesi de tarihte bir ilktir.
Sultan IV. Murat en iyi eğitimlerle çok hızlı bir şekilde devleti yönetmeye hazırlanıyordu. Olgunlaşmaya başladıkça,annesinin devletteki otoritesini azaltıyor,önemli ölçüde etkinliğini engelliyordu. Ancak O’nunda tahta geçen süresi kısa oldu.Kimilerine göre siroz’dan vefat etmiştir. Ancak Osmanlı kayıtlarında damla hastalığından öldüğü yer almaktadır. Genç yaşta (yirmisekiz yaşında )ölümü üzerine tahta kardeşi Şehzade I.İbrahim çıktı.
I.İbrahim sultan olduğunda bu defada Osmanlı Hanedanı bir tehlike ile karşı karşıyaydı. Çünkü I.İbrahim saltanatın tek erkek varisiydi ve hanedanın devamlılığı gerekliydi. Ancak I.İbrahim dengesizdi. Kadınlarada ilgi duymuyordu. Bu duruma acil bir önlem alınmalıydı. Bu durumda önlem almak tabiki Kösem Sultan’a düştü. Ülkenin dört bir yanından tedavi amacıyla üfürükçüler getirtti.
Zamanla Sultan IV. Murat olgunlaşarak annesinin faaliyetlerini bir ölçüde engellemeye başlamışsa da genç yaşta ölümü üzerine tahta Kösem Sultan’ın diğer oğlu İbrahim çıktı ve Kösem Sultan’ın nüfuzu tekrar arttı. İbrahim tahta çıktığında Osmanlı Hanedanı büyük bir krizle karşılaştı. İbrahim hanedanın tek erkek varisi durumundaydı ve acil bir şekilde hanedanın devamını sağlama zorunluğu vardı. Oysa I. İbrahim bir ölçüde dengesiz görünüyor ve kadınlarla olan ilişkilere ilgi duymuyordu. Osmanlı hanedanının devamını sağlama görevi büyük ölçüde Kösem Sultan’a düştü. Oğlunu tedavi amacıyla ülkenin her yanından üfürükçüler getirtti. Bunların içinde en bilineni ve Cinci Hoca diye anılanı Karabaşzade Hüseyin Efendi’ydi (Safranbolu’lu). Nihayetinde 2 yıl sonra I.İbrahim’in oğlu şehzade Mehmet doğdu.